İstanbul'da, 4 Aralık 1890'da doğdu. Baba tarafından onuncu göbekten Köprülü Mehmed Paşa'yla akraba olan Fuad Köprülü'nün annesi ise İslimye eşrafından Arif Hikmet Efendi'nin kızıdır. İlkokul sıralarından başlayarak okumaya ve araştırmaya karşı büyük bir ilgi duyan Fuad Köprülü, ortaokulu Ayasofya Merkez Rüştiyesi'nde, liseyi ise Mercan İdadisi'nde okudu. İlk yazısı, 1905 yılında, henüz 15 yaşında lisede öğrenciyken "Musavver Terakki"de yayımlandı. Liseyi parlak bir biçimde bitiren Köprülü 1907-1909 yıllan arasında o zamanki Mekteb-i Hukuk'a (Hukuk Fakültesi) devam etti. Ancak tutmak istediği yol bakımından bu eğitimin yararlı olamayacağını düşündüğü için Hukuk Fakültesi'ni bitirmeden bıraktı. Liseyi bitirdiği yıllarda Farsçayı oldukça iyi, Arapçayı da okuduğu kitapları anlayacak derecede öğrenmişti. Bu arada Prof. Anjel'dan aldığı özel derslerle Fransızcasını da ilerletti. 1908 yılında, II. Meşrutiyet'in ilânından sonra çok genç yaşta ülkenin düşünce yaşamına girdi.
1908 Aralık ayında kurulan Türk Derneği ile 1911 Ağustosu'nda faaliyete geçen Türk Yurdu Cemiyeti üyeleri arasında bulunan Köprülü Türk Ocağı'nın kültür heyetinde de görev aldı. Bu dönemde millî ve vatanî şiirleri, edebiyat, sosyoloji ve tenkit yazılan "Mehâsin", "Servet-i Fünûn" dergileriyle "Tanin" gazetesinde sürekli olarak yayımlanmaya başladı. Aynı yıllarda Fransızcadan birçok çeviri de yaptı.
1910-1913 yılları arasında Mercan, Kabataş, Galatasaray ve İstanbul liselerinde Türkçe ve Edebiyat hocalığı görevlerinde bulundu. İlk bilimsel yazısı, "Bilgi" dergisinde, "Türk Edebiyatı Tarihinde Usûl" adıyla 1913 yılında yayımlanan makalesidir. Köprülü, bu makalesinde Türk edebiyatı tarihinin Avrupa bilim yöntemleriyle fakat kendi millî bünyemize uygun bir biçimde nasıl inceleneceğini göstermeye çalışıyor, ileride yapacağı çalışmaların temellerini tespit ediyordu. 20 Aralık 1913 tarihinde İstanbul Darülfünûn'u Türk Edebiyatı Tarihi müderrisliğine (profesörlüğüne) atandı. 1914 yılında kurulan Türk Bilgi Derneği'nin ve yine 1915 yılında kurulan Asâr-ı İslâmiye ve Milliye Tedkik Encümeni'nde genel sekreterlik görevlerini, "Millî Tetebbular Mecmuası"nın müdürlüğünü üstlendi.